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獲得基因/轉錄本的Read Counts數后，采用limma，可對多樣本（≥2）項目進行樣本間基因/轉錄本的差異表達分析，鑒定出樣本間差異表達基因/轉錄本。

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小提琴圖 (Violin Plot)是用來展示多組數據的分布狀態以及概率密度。

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PCoA

主坐標分析(principal co-ordinates analysis)，是一種非約束性的數據降維分析方法，可用來研究樣本組成的相似性或差異性。

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將鑒定的代謝物比對到KEGG Compound數據庫獲得代謝物分類概況和并統計作圖。

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